Το Γενικό Λύκειο Αφάντου ιδρύθηκε το 1982 και λειτούργησε για πρώτη σχολική χρονιά το 1982-1983 ως λυκειακό παράρτημα του 1ου Λυκείου Ρόδου (Βενετόκλειο). Μέχρι και το 1984 λειτουργούσε σε απογευματινή βάρδια στο 1ο σχολικό κτίριο της περιοχής, που κτίστηκε από την κοινότητα (1914-16) με προσωπική εργασία των κατοίκων του χωριού. Το κτίριο αυτό βρίσκεται στην πλατεία του χωριού, απέναντι από το παλιό Ιταλικό κτίριο του Δημοτικού Σχολείου Αφάντου, σ’ έναν ειδικά διαμορφωμένο προστατευόμενο χώρο, όπου σήμερα λειτουργεί το 3ο Δημοτικό Σχολείο. Πρώτος Διευθυντής του Λυκείου ήταν ο κ. Μπονιάτης Στέφανος.
Από το 1984 και εξής το σχολείο λειτούργησε σε νεόδμητο κτίριο, που βρίσκεται στην περιοχή Λύχνος της κοινότητας Αφάντου, με Διευθυντή τον κ. Διμέλη Κωνσταντίνο (1984 – 1999) και από το 1985 έως το 2004 συστεγαζόταν με το Γυμνάσιο Αφάντου. Οι μαθητές του αρχικά ήταν 36. Σήμερα το σχολείο αριθμεί 250 μαθητές λόγω της αύξησης του πληθυσμού και της φοίτησης μαθητών από γειτονικά δημοτικά διαμερίσματα ( Αρχίπολη, Καλυθιές, Ψίνθος).
Από το 1999 έως το 2007 Διευθυντής του Λυκείου Αφάντου ήταν ο κ. Παυλούς Γεώργιος, από το 2007 έως το 2009 ο κ. Τριανταφύλλας Χρήστος, από το 2009 έως το 2023 ο κ. Θωμίδης Βενέτιος και από το 2023 έως σήμερα ο κ.Γιασιράνης Στέφανος.
Τα τελευταία χρόνια το σχολείο έχει πολλές επιτυχίες στις εισαγωγικές εξετάσεις για το Πανεπιστήμιο κι έτσι η κοινωνία του Αφάντου έχει παρουσιάσει μεγάλη πρόοδο που οφείλεται όχι μόνο στην οικονομική ανάπτυξη της περιοχής αλλά και στους νέους επιστήμονες.
